O município é dividido em nove distritos: Afonso Cláudio (sede), Piracema, Fazenda Guandu, Pontões, Serra Pelada (Lagoa), São Francisco Xavier do Guandu, Ibicaba, Mata Fria e São Luís de Boa Sorte. No passado Laranja da Terra e Brejetuba pertenceram à Afonso Cláudio, e hoje são municípios independentes.